DNA 序列反向互补工具 php tool

本贴最后更新于 1799 天前,其中的信息可能已经时移世异

这两天看了些 php 的应用,发现 php 网络应用真是方便…根据前几章关于 string 的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的 dna 反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用 php 也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能:

  1. 反向互补
  2. 去除多余字段(数字,空格,主要 NCBI 上下来的序列多含有数字和空格)
    3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功. substr_replace()无法应用在上面;暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool
代码:
datetime="2009-07-16T13:08:33+00:00"> 有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段,后来发现 ereg_replace()能实现,方便多了

<!--序列输入 -->
<table width=100% style="table-layout:fixed;">
<tr>
  <td style="word-wrap : break-word ;">
  <!-- 序列处理及输出 -->
    <?php 
	$input =$_GET['seq'];
	if (empty($input)) {
	}	else {
			$output=strtolower($input);
			for ($i=0;$i<strlen($input);$i++) {
				switch ($output{$i}) {
					case 'a':
						$output{$i}= 't';
						break;
					case 'g':
						$output{$i}= 'c';
						break;
					case 'c':
						$output{$i}= 'g';
						break;
					case 't':
						$output{$i}= 'a';
						break;	
					default:
						$error=true;  //判断是否有非a,g,c,t碱基字母
						break;
				}
			}
		$output = strrev($output);  //反向
		$output = ereg_replace('[@[:digit:][:blank:]]','', $output); //去除数字空格
		if ($error==true) {
			echo "<font color=red>warning: there are some non-base input&lt;/font>
    
  <br />"; //输出些警告提示,不影响序列处理
    		}
    		echo "<b>the reverse complement sequence:</b><br />&lt;font color=blue size=2> $output&lt;/font><br /><br /><br />";
    		echo "<b>the original sequence:</b><br />&lt;font size=2> $input&lt;/font>";
    	}
    ?>
  </td>
</tr>&lt;/table>
  • PHP

    PHP(Hypertext Preprocessor)是一种开源脚本语言。语法吸收了 C 语言、 Java 和 Perl 的特点,主要适用于 Web 开发领域,据说是世界上最好的编程语言。

    164 引用 • 406 回帖 • 524 关注
  • 在线工具
    2 引用 • 2 回帖
  • 工具

    子曰:“工欲善其事,必先利其器。”

    273 引用 • 676 回帖

相关帖子

欢迎来到这里!

我们正在构建一个小众社区,大家在这里相互信任,以平等 • 自由 • 奔放的价值观进行分享交流。最终,希望大家能够找到与自己志同道合的伙伴,共同成长。

注册 关于
请输入回帖内容 ...

推荐标签 标签

  • Love2D

    Love2D 是一个开源的, 跨平台的 2D 游戏引擎。使用纯 Lua 脚本来进行游戏开发。目前支持的平台有 Windows, Mac OS X, Linux, Android 和 iOS。

    14 引用 • 53 回帖 • 506 关注
  • PWA

    PWA(Progressive Web App)是 Google 在 2015 年提出、2016 年 6 月开始推广的项目。它结合了一系列现代 Web 技术,在网页应用中实现和原生应用相近的用户体验。

    14 引用 • 69 回帖 • 120 关注
  • 小说

    小说是以刻画人物形象为中心,通过完整的故事情节和环境描写来反映社会生活的文学体裁。

    28 引用 • 108 回帖 • 1 关注
  • PWL

    组织简介

    用爱发电 (Programming With Love) 是一个以开源精神为核心的民间开源爱好者技术组织,“用爱发电”象征开源与贡献精神,加入组织,代表你将遵守组织的“个人开源爱好者”的各项条款。申请加入:用爱发电组织邀请帖
    用爱发电组织官网:https://programmingwithlove.stackoverflow.wiki/

    用爱发电组织的核心驱动力:

    • 遵守开源守则,体现开源&贡献精神:以分享为目的,拒绝非法牟利。
    • 自我保护:使用适当的 License 保护自己的原创作品。
    • 尊重他人:不以各种理由、各种漏洞进行未经允许的抄袭、散播、洩露;以礼相待,尊重所有对社区做出贡献的开发者;通过他人的分享习得知识,要留下足迹,表示感谢。
    • 热爱编程、热爱学习:加入组织,热爱编程是首当其要的。我们欢迎热爱讨论、分享、提问的朋友,也同样欢迎默默成就的朋友。
    • 倾听:正确并恳切对待、处理问题与建议,及时修复开源项目的 Bug ,及时与反馈者沟通。不抬杠、不无视、不辱骂。
    • 平视:不诋毁、轻视、嘲讽其他开发者,主动提出建议、施以帮助,以和谐为本。只要他人肯努力,你也可能会被昔日小看的人所超越,所以请保持谦虚。
    • 乐观且活跃:你的努力决定了你的高度。不要放弃,多年后回头俯瞰,才会发现自己已经成就往日所仰望的水平。积极地将项目开源,帮助他人学习、改进,自己也会获得相应的提升、成就与成就感。
    1 引用 • 487 回帖 • 3 关注
  • TextBundle

    TextBundle 文件格式旨在应用程序之间交换 Markdown 或 Fountain 之类的纯文本文件时,提供更无缝的用户体验。

    1 引用 • 2 回帖 • 45 关注
  • RYMCU

    RYMCU 致力于打造一个即严谨又活泼、专业又不失有趣,为数百万人服务的开源嵌入式知识学习交流平台。

    4 引用 • 6 回帖 • 39 关注
  • JVM

    JVM(Java Virtual Machine)Java 虚拟机是一个微型操作系统,有自己的硬件构架体系,还有相应的指令系统。能够识别 Java 独特的 .class 文件(字节码),能够将这些文件中的信息读取出来,使得 Java 程序只需要生成 Java 虚拟机上的字节码后就能在不同操作系统平台上进行运行。

    180 引用 • 120 回帖 • 3 关注
  • 外包

    有空闲时间是接外包好呢还是学习好呢?

    26 引用 • 232 回帖 • 17 关注
  • PHP

    PHP(Hypertext Preprocessor)是一种开源脚本语言。语法吸收了 C 语言、 Java 和 Perl 的特点,主要适用于 Web 开发领域,据说是世界上最好的编程语言。

    164 引用 • 406 回帖 • 524 关注
  • 数据库

    据说 99% 的性能瓶颈都在数据库。

    330 引用 • 612 回帖
  • Bug

    Bug 本意是指臭虫、缺陷、损坏、犯贫、窃听器、小虫等。现在人们把在程序中一些缺陷或问题统称为 bug(漏洞)。

    76 引用 • 1738 回帖 • 3 关注
  • Ruby

    Ruby 是一种开源的面向对象程序设计的服务器端脚本语言,在 20 世纪 90 年代中期由日本的松本行弘(まつもとゆきひろ/Yukihiro Matsumoto)设计并开发。在 Ruby 社区,松本也被称为马茨(Matz)。

    7 引用 • 31 回帖 • 166 关注
  • Wide

    Wide 是一款基于 Web 的 Go 语言 IDE。通过浏览器就可以进行 Go 开发,并有代码自动完成、查看表达式、编译反馈、Lint、实时结果输出等功能。

    欢迎访问我们运维的实例: https://wide.b3log.org

    30 引用 • 218 回帖 • 594 关注
  • gRpc
    10 引用 • 8 回帖 • 48 关注
  • 阿里云

    阿里云是阿里巴巴集团旗下公司,是全球领先的云计算及人工智能科技公司。提供云服务器、云数据库、云安全等云计算服务,以及大数据、人工智能服务、精准定制基于场景的行业解决方案。

    89 引用 • 345 回帖
  • Vim

    Vim 是类 UNIX 系统文本编辑器 Vi 的加强版本,加入了更多特性来帮助编辑源代码。Vim 的部分增强功能包括文件比较(vimdiff)、语法高亮、全面的帮助系统、本地脚本(Vimscript)和便于选择的可视化模式。

    27 引用 • 66 回帖 • 1 关注
  • DNSPod

    DNSPod 建立于 2006 年 3 月份,是一款免费智能 DNS 产品。 DNSPod 可以为同时有电信、网通、教育网服务器的网站提供智能的解析,让电信用户访问电信的服务器,网通的用户访问网通的服务器,教育网的用户访问教育网的服务器,达到互联互通的效果。

    6 引用 • 26 回帖 • 518 关注
  • 微信

    腾讯公司 2011 年 1 月 21 日推出的一款手机通讯软件。用户可以通过摇一摇、搜索号码、扫描二维码等添加好友和关注公众平台,同时可以将自己看到的精彩内容分享到微信朋友圈。

    129 引用 • 791 回帖 • 1 关注
  • 尊园地产

    昆明尊园房地产经纪有限公司,即:Kunming Zunyuan Property Agency Company Limited(简称“尊园地产”)于 2007 年 6 月开始筹备,2007 年 8 月 18 日正式成立,注册资本 200 万元,公司性质为股份经纪有限公司,主营业务为:代租、代售、代办产权过户、办理银行按揭、担保、抵押、评估等。

    1 引用 • 22 回帖 • 674 关注
  • Firefox

    Mozilla Firefox 中文俗称“火狐”(正式缩写为 Fx 或 fx,非正式缩写为 FF),是一个开源的网页浏览器,使用 Gecko 排版引擎,支持多种操作系统,如 Windows、OSX 及 Linux 等。

    7 引用 • 30 回帖 • 457 关注
  • 持续集成

    持续集成(Continuous Integration)是一种软件开发实践,即团队开发成员经常集成他们的工作,通过每个成员每天至少集成一次,也就意味着每天可能会发生多次集成。每次集成都通过自动化的构建(包括编译,发布,自动化测试)来验证,从而尽早地发现集成错误。

    14 引用 • 7 回帖
  • 酷鸟浏览器

    安全 · 稳定 · 快速
    为跨境从业人员提供专业的跨境浏览器

    3 引用 • 59 回帖 • 21 关注
  • HTML

    HTML5 是 HTML 下一个的主要修订版本,现在仍处于发展阶段。广义论及 HTML5 时,实际指的是包括 HTML、CSS 和 JavaScript 在内的一套技术组合。

    103 引用 • 294 回帖
  • Swift

    Swift 是苹果于 2014 年 WWDC(苹果开发者大会)发布的开发语言,可与 Objective-C 共同运行于 Mac OS 和 iOS 平台,用于搭建基于苹果平台的应用程序。

    34 引用 • 37 回帖 • 496 关注
  • DevOps

    DevOps(Development 和 Operations 的组合词)是一组过程、方法与系统的统称,用于促进开发(应用程序/软件工程)、技术运营和质量保障(QA)部门之间的沟通、协作与整合。

    37 引用 • 24 回帖 • 1 关注
  • 宕机

    宕机,多指一些网站、游戏、网络应用等服务器一种区别于正常运行的状态,也叫“Down 机”、“当机”或“死机”。宕机状态不仅仅是指服务器“挂掉了”、“死机了”状态,也包括服务器假死、停用、关闭等一些原因而导致出现的不能够正常运行的状态。

    13 引用 • 82 回帖 • 34 关注
  • B3log

    B3log 是一个开源组织,名字来源于“Bulletin Board Blog”缩写,目标是将独立博客与论坛结合,形成一种新的网络社区体验,详细请看 B3log 构思。目前 B3log 已经开源了多款产品:SymSoloVditor思源笔记

    1090 引用 • 3467 回帖 • 297 关注